Tudo começou em 1999, com o recebimento de uma representação enviada pelo Grupo Tortura Nunca Mais, do Rio de Janeiro, sobre a interrupção, pela Unicamp, dos trabalhos de identificação dos restos mortais exumados da vala clandestina do Cemitério de Perus e a falta de identificação dos restos mortais do desaparecido político Flávio Carvalho Molina. Essa representação foi distribuída à Procuradoria Regional dos Direitos do Cidadão em São Paulo e deu origem ao primeiro Inquérito Civil sobre o tema no país.
Em 1990, graças ao trabalho de ex-presos políticos e de familiares de mortos e desaparecidos políticos, havia sido revelada pela imprensa a existência da vala clandestina do Cemitério de Perus, em São Paulo, na qual foram localizadas mais de mil ossadas humanas, dentre as quais se estimava a presença de cerca de uma dezena de desaparecidos políticos.